Existen en Uruguay varios acuíferos de importancia, como el Raigón en la parte sur del país o en Mercedes en la zona litoral oeste.  El de mayor potencial hídrico es el Sistema Acuífero Guaraní, que se desarrolla en la Cuenca Norte (cuenca geológica).  Es compartido con Argentina, Brasil y Paraguay, y ocupa en Uruguay un área de 43.000km2  (Figura 4).  Representa una de las más importantes reservas subterráneas de agua dulce en el mundo, con un potencial hídrico del orden de los 40.000km3.

Los espesores saturados del Sistema Acuífero Guaraní en Uruguay superan los 200m.   La existencia de un techo de rocas basálticas de hasta 1200m de espesor en algunas áreas (corredor termal de Salto y Artigas) genera el fenómeno de surgencia y la profundidad de los niveles permeables el aumento de la temperatura del agua.

Ambas propiedades, termalismo y surgencia, hacen del Sistema Acuífero Guaraní un recurso hídrico subterráneo estratégico y de suma importancia.  Actualmente en Uruguay su explotación está destinada principalmente a la industria turística, aunque hay ciudades como Rivera y Artigas que cubren su demanda para consumo humano con agua subterránea de este acuífero.

Según especialistas, puede considerarse el acuífero más grande del planeta. Su extensión aproximada es de 1.190.000km² y se distribuye entre Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay de la siguiente manera:

• Argentina 225.000 km² (un 18.9% del área total del acuífero)
• Brasil 850.000 km² (un 71.4% del área total del acuífero)
• Paraguay 70.000 km² (un 5.9% del área total del acuífero)
• Uruguay 45.000 km² (un 3.8% del área total del acuífero)