En abril de 2007 la Administración implanta un nuevo sistema de monitoreo de calidad de agua en la localidad de Fray Bentos.

Este sistema complementa el control permanente de los parámetros básicos a la entrada y salida de la planta y los análisis de rutina realizados por el Laboratorio Central, con una paramétrica ampliada de la calidad del agua bruta en la toma del Río Uruguay y del agua tratada en la planta de potabilización, basada en un control quincenal hasta marzo del 2009 inclusive y mensual de abril del 2009 en adelante.

El objetivo de este monitoreo adicional es generar información específica sobre la calidad del agua antes y después de la entrada en funcionamiento de la planta de BOTNIA (10 de noviembre de 2007) y disponer posteriormente de información frecuente, a efectos de detectar posibles apartamientos de esas condiciones de base.